Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.